Cultura y ciencia.
Este virreinato fue la base del mosaico cultural y racial del período americano. En su seno se fusionaron a lo largo delos 300 años de virreinato las culturas nahuatl, maya, tolteca, mixteca, zapoteca y española. Así mismo, se dio unagran cantidad de mezclas raciales: mestizos, mulatos, castizos, etc. Figuras como Sor Juana Inés de la Cruz y JuanRuiz de Alarcón destacan como los más notables contribuyentes a la literatura española, así como Manuel Tolsá en laarquitectura. Relativo a instituciones financieras destacó Pedro Romero de Terreros, fundador del Sacro y Real Montede Piedad de Ánimas, antecedente del Nacional Monte de Piedad (también llamado Monte Pío), génesis delmicrocrédito a nivel mundial. También destacan los descubrimientos químicos de Andrés Manuel del Río, descubridordel Eritronio, posteriormente renombrado Vanadio, en la tabla periódica de los elementos químicos.
Educación
Lorenzo Boturini, intelectual italiano, logró recolectar una gran cantidad de documentos prehispánicos entre los que destacaba la Tira de la Peregrinación, fundamental en el estudio del México antiguo. Las disputas de Boturni con el virrey Pedro Cebrián y Agustín, llevaron a su detención, posterior exilio y destrucción de gran parte de su obra.
La Real y Pontificia Universidad de México.
Hacia 1830 fue cerrada definitivamente, tras varios intentos de cierres en años anteriores. La UNAM y la Universidad Pontificia de México pueden considerarse sus herederas.
El 21 de septiembre de 1551, a petición de la sociedad novohispana, el rey Carlos I dictó en Toro (Zamora), Castilla y León, la cédula de creación de la Real y Pontificia Universidad de México, que a la postre se convertiría en la más importante de la América Española. La fundación y labor educativa de los colegios religiosos de Nueva España fue un factor importante para la institución de la universidad, que en principio tomó como modelo a la Universidad de Salamanca, en aquella época la más importante de España y una de las más prestigiosas de Europa. La Universidad fue inaugurada el 25 de enero de 1553.
Bellas artes.
La pintura tuvo gran desarrollo en Europa durante la época de la conquista, y para varios de los conquistadores españoles era prioritario representar sus triunfos mediante las bellas artes. Hacia 1538, llegó el primer pintor español a Nueva España, llamado Rodrigo de Cifuentes y probablemente ficticio. El trabajo de Cifuentes consistió en decorar varios conventos de Tlaxcala y plasmar con su arte la conversión de los principales señores tlaxcaltecas al cristianismo, en una pintura hoy perdida e intitulada "El bautizo de los caciques de Tlaxcala", en lo que fue considerado el convento más antiguo de América.
Otros pintores notables de esa época fueron Francisco de Morales, Francisco de Zumaya, Andrés de la Concha y Juan de Arrúe. Pero el más notable del siglo XVI novohispano fue, sin duda, el flamenco Simón Pereyns que se asentó en Nueva España desde 1566, y junto a los pintores antes mencionados formó un grupo cultural que predominó en la pintura novohispana hasta 1620. La pintura religiosa fue la más recurrida en el siglo XVII, y gran parte de ella se encuentra en el Museo Nacional del Virreinato en Tepotzotlán. Los más notables pintores fueron José Ibarra, los vascos Echave y Cristóbal de Villalpando. Hacia la mitad de tal siglo, surgió Miguel Cabrera, conocido retratista que plasmó en sus cuadros varias escenas de la vida cotidiana en Nueva España, retrató además a Sigüenza y a Sor Juana.
Nicolás Rodríguez Juárez, otro pintor de la época, solía retratar a virreyes, arzobispos, obispos, corregidores y potentados. Con el auge de los movimientos de independencia, la pintura adquirió un toque nacionalista que perduró hasta entrado el siglo XX.